Kju-kluks-klan je vrlo brzo stekao mnoštvo pristalica u južnim državama SAD, otpočevši sa ubistvima crnih i belih republikanskih vođa. Od 1866. do 1867. godine, Klan je počeo da upada noću u kuće crnaca i krade oružje. Na sastanku u Nešvilu u Tenesiju 1867. godine, napravljena je hijerarhija u organizaciji uvođenjem lokalnih loža ili ćelija koje su odgovarale vođama okruga, koji su opet, odgovarali oblasnim vođama, a oblasne vođe državnim, dok su državne vođe odgovarale nacionalnom generalštabu.
Glavni cilj Klana bio je kontrola političkog i društvenog statusa oslobođenih crnaca. Naročito se radilo protiv prava crnaca na obrazovanje, ekonomski boljitak, prava glasa i nošenja oružja. Međutim, iako se Klan uglavnom fokusirao na crnce, južnjački republikanci su takođe postali meta napada i zastrašivanja. Nasilje je postiglo svoj cilj. Na primer, aprila 1868. godine, na opštim izborima u Džordžiji, u okrugu Kolumbija republikanski kandidat Rufus Bulok (engl. Rufus Bullock) je dobio 1.222 glasa, međutim, već u novembru iste godine, na predsedničkim izborima, republikanski kandidat, Julisiz S. Grant, dobio je samo jedan glas u istom okrugu.
Tokom ovog perioda, članovi Klana su ubili mnogo više ljudi, međutim, mnoga od tih ubistava nisu bila prijavljena. Na primer, 1951. godine, Hari T. Mur, nastavnik i direktor crnačke zajednice, poginuo je zajedno sa svojom suprugom u bombaškom napadu na njihov dom.
Iako se istragom FBI u to doba došlo do imena nekoliko osumnjičenih, niko nije bio optužen za ovaj zločin.
Četrdeset godina kasnije, jedan bivši član Klana je priznao da su on i još nekoliko članova skovali zaveru sa pripadnicima policije kako bi izveli ovo i još nekoliko drugih ubistava.
